Depois de doze mil anos de silêncio, os Anjos da Sombra voltam para atacar as cidades humanas e colher pessoas por sua energia vital, o prana. Para revidar, a organização DEAVA reúne jovens pilotos dotados que conduzem três antigas Vector Machines capazes de se unir no gigantesco mecha Aquarion. Num combate inicial, Apollo, de treze anos, assume uma delas e arrasa o inimigo. A DEAVA o toma pela reencarnação de Apollonius, um Anjo da Sombra que um dia amou uma humana, para irritação da piloto Silvia de Alisia.