En un mundo alterno donde Shinji Ikari creció con sus dos padres y sin nada peor que los exámenes de qué preocuparse, el estudiante pasa los días con sus amigos. Esa calma se rompe cuando llega la alumna transferida Rei Ayanami y se arma un enredo de flechazos, rivalidades y confesiones que involucra a Shinji, a su amiga de la infancia Asuka Langley Soryu y al resto de la clase. Cuando la misteriosa organización NERV empieza a reclutar estudiantes para experimentos que nadie explica, los problemas cotidianos del grupo empiezan a apuntar a algo mucho más grande. Este manga reimagina al elenco de Evangelion en una comedia romántica escolar de universo alterno.