Em um mundo alternativo onde Shinji Ikari cresceu com os dois pais e sem nada pior que as provas para se preocupar, o colegial passa os dias com os amigos. Essa calmaria acaba quando a aluna transferida Rei Ayanami chega e um emaranhado de paixões, rivalidades e declarações envolve Shinji, sua amiga de infância Asuka Langley Soryu e o resto da turma. Quando a misteriosa organização NERV começa a recrutar estudantes para experimentos que ninguém explica, os problemas cotidianos do grupo passam a apontar para algo bem maior. Esse mangá reimagina o elenco de Evangelion em uma comédia romântica escolar de universo alternativo.