Tres años después de que Shinji Ikari detuviera el Tercer Impacto, NERV ha sido reconstruida bajo el mando de Misato Katsuragi en esta continuación alterna de Evangelion. Shinji, ya de diecisiete años, vuelve a liderar el equipo EVA junto a Asuka Langley Soryu, mientras cuatro copias de Rei Ayanami mantienen un programa mundial de búsqueda y destrucción de Ángeles. Cuando una de esas unidades falla y pone rumbo a Tokio-3, Shinji y Asuka salen a interceptarla y se topan con un enemigo de otro tipo: Evangelions tomados por Ángeles. Esta novela ligera continúa la historia de Evangelion más allá del final original.