Kyon, estudiante de primer año de preparatoria, ha renunciado a todo lo sobrenatural, hasta que su compañera Haruhi Suzumiya anuncia frente a toda la clase que solo le interesan los extraterrestres, los viajeros en el tiempo y los espers. Como nadie así aparece, Haruhi funda la Brigada SOS y recluta a Kyon, a la callada lectora Yuki Nagato, a la tímida Mikuru Asahina, un año mayor que ellos, y al siempre sonriente Itsuki Koizumi, recién trasladado, para salir a buscarlos. Kyon sospecha que su nuevo club esconde algo mucho más extraño de lo que Haruhi imagina. Este manga de un solo tomo adapta solo la novela ligera inicial, ya que la serie terminó antes de continuar.