Más de un año después del brote zombi desatado por los Army Ants, las ciudades de Japón están desiertas y recorridas por los infectados. Chiyuri Haijima, abandonada de niña y refugiada entre los sin techo de un parque público, pierde incluso esa vida frágil por las consecuencias de la cacería de Arachnid. Le dicen que la única forma de detener el brote es entregar a su nueva amiga Setsuna Dinoponera a Alice Fujii, la próxima jefa de la Organización, así que cruza las ruinas con ella mientras otros dentro de la Organización maniobran para mantener a Alice en la ignorancia. Esta secuela transcurre en el mismo mundo que Arachnid.