Viajando pelo Japão rural, Ginko segue seu trabalho como Mushi-shi, caçador de Mushi, formas de vida ancestrais e primordiais que coexistem com o mundo natural e frequentemente interferem na vida humana de formas sutis ou inquietantes. Cada aldeia traz um novo caso: loops temporais, sombras vivas, doenças estranhas ligadas à atividade dos Mushi. Esta segunda temporada retoma a jornada episódica de Ginko de onde a série original parou.