Esta segunda película de Progressive vuelve sobre el ascenso inicial de Asuna Yuuki y Kirito por la torre mortal de Aincrad, semanas después de que diez mil jugadores quedaran atrapados en Sword Art Online. Mientras la pareja avanza hacia los pisos superiores, los dos gremios más fuertes, el Escuadrón de Liberación de Aincrad y la Brigada de Caballeros Dragón, pasan de la rivalidad al choque abierto. El filme recuenta estos sucesos de los primeros pisos, con Asuna y Kirito en medio de los gremios enfrentados y de un manipulador oculto que mueve los hilos.