O detetive Shinichi Kudo, aluno do ensino médio, é emboscado por membros da Organização Negra e forçado a engolir um veneno experimental que encolhe seu corpo ao de uma criança de sete anos. Com a identidade de Conan Edogawa, ele passa a morar com sua amiga de infância Ran Mouri e o atrapalhado detetive particular Kogoro, pai dela. Dali resolve casos às escondidas por meio de Kogoro enquanto rastreia o sindicato e uma cura para a droga.