Um grupo que se autodenomina Gatos Siameses Vermelhos sequestra um dirigível de última geração em pleno voo, bem na hora em que o ladrão fantasma Kaito Kid tenta roubar a joia Lady Sky a bordo. Os sequestradores alegam ter liberado uma bactéria letal na cabine e ameaçam explodir a aeronave caso suas exigências não sejam atendidas, deixando Conan Edogawa, Ran Mouri e o restante dos passageiros presos a milhares de metros de altura. Sem saída e com o tempo se esgotando, Conan precisa se aliar justamente ao ladrão que costuma perseguir para descobrir o que os sequestradores realmente querem.