Un grupo que se hace llamar los Gatos Siameses Rojos secuestra un dirigible de última generación en pleno vuelo, justo cuando el ladrón fantasma Kaito Kid intenta robar a bordo la joya Lady Sky. Los secuestradores aseguran haber liberado una bacteria letal en la cabina y amenazan con hacer estallar la nave si no se cumplen sus exigencias, dejando atrapados a miles de metros de altura a Conan Edogawa, Ran Mouri y el resto del pasaje. Sin salida y con el reloj corriendo, Conan tiene que aliarse con el mismo ladrón al que suele perseguir para averiguar qué buscan realmente los secuestradores.