Miembros de la Organización Negra emboscan al detective de preparatoria Shinichi Kudo y lo obligan a ingerir un veneno experimental que reduce su cuerpo al de un niño de siete años. Bajo el alias de Conan Edogawa, se instala con su amiga de la infancia Ran Mouri y el torpe detective privado Kogoro, el padre de ella. Desde ahí resuelve casos en secreto a través de Kogoro mientras busca pistas sobre el sindicato y una forma de revertir la droga.