Uma voz implora às lendárias Guerreiras Mágicas que salvem Cefiro, e é assim que Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki e Fuu Hououji, três garotas do ginásio que nunca se viram, saem de uma excursão à Torre de Tóquio e param nesse mundo. Guru Clef lhes explica que ali a vontade molda a realidade e as envia para libertar a princesa Esmeralda do sumo sacerdote Zagato. Guiadas pela criatura Mokona, elas despertam sua magia elemental e os gigantescos Gênios que precisam pilotar.