Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki y Fuu Hououji, tres chicas de secundaria que no se conocen, coinciden en una excursión a la Torre de Tokio. De allí las arrastra al mundo de Céfiro una voz que suplica a las legendarias Guerreras Mágicas que lo salven. Guru Clef les explica que allí la voluntad moldea la realidad y las envía a liberar a la princesa Esmeralda del sumo sacerdote Zagato. Guiadas por la criatura Mokona, despiertan su magia elemental y a los enormes Genios que deben pilotar.