Durante a Quinta Guerra do Santo Graal na cidade de Fuyuki, sete magos invocam Servants e lutam até restar apenas uma dupla de pé pelo direito a um cálice que realiza desejos. Shirou Emiya se torna Master à força logo depois de se recuperar de um ferimento quase fatal, e a maga Rin Tosaka, que o salvou, se junta a ele e ao seu Servant Saber para investigar as conspirações por trás da guerra. Este mangá adapta a rota Unlimited Blade Works da visual novel original de Fate/stay night.