Durante la Quinta Guerra del Santo Grial en la ciudad de Fuyuki, siete magos invocan Servants y pelean hasta que solo quede una pareja en pie por una copa que concede deseos. Shirou Emiya se convierte en Master a la fuerza justo después de recuperarse de una herida casi mortal, y la maga Rin Tosaka, quien lo salvó, se une a él y a su Servant Saber para investigar las conspiraciones detrás de la guerra. Este manga adapta la ruta Unlimited Blade Works de la novela visual original de Fate/stay night.