La Guerra del Santo Grial es una contienda secreta en la ciudad de Fuyuki: siete magos llamados Masters comandan a sus Servants, espíritus heroicos de la historia y la leyenda, por un Grial capaz de cumplir cualquier deseo. Shirou Emiya, estudiante de preparatoria que apenas sabe usar la magia que le dejó su padre adoptivo, cae en ella la noche en que invoca por accidente a la espadachina Saber. Este manga adapta la ruta Fate de la novela visual, con Shirou y Saber enfrentados por lo que un héroe le debe a quienes salva.