Numa noite em que é perseguido, Shirou Emiya invoca por acidente a espadachim Saber e entra na Guerra do Santo Graal. É uma disputa secreta na cidade de Fuyuki em que sete magos chamados Masters comandam Servants, espíritos heroicos da história e da lenda, por um Graal que realiza qualquer desejo. Ele é um estudante comum do ensino médio e mal domina a magia que o pai adotivo lhe deixou. Este mangá adapta a rota Fate do jogo original, com Shirou e Saber em desacordo sobre o que um herói deve a quem salva.