Youji Itami, oficial das Forças de Autodefesa e otaku assumido, está em Ginza quando guerreiros medievais e monstros surgem de um portal misterioso chamado Gate e atacam os civis, até serem repelidos pelo exército japonês. Colocado à frente de uma equipe de reconhecimento enviada para além do portal, rumo à fantástica Região Especial, Itami conquista a lealdade de Rory Mercury, semideusa e apóstola do deus da morte, e começa a construir laços diplomáticos com elfas e feiticeiras locais. Com potências estrangeiras de olho nos recursos da região, as negociações discretas de sua equipe viram a melhor chance de manter a paz.