Na Academia Mahora, o jovem professor mago Negi Springfield precisa escolher apenas uma aluna de sua turma para se tornar sua parceira mágica permanente antes da formatura, decisão que fará todas as outras perderem as memórias sobre magia. Evangeline A.K. McDowell, Asuna Kagurazaka, Setsuna Sakurazaki e o restante da turma têm muito em jogo à medida que o prazo se aproxima. Este filme condensa cerca de duas dezenas de capítulos do mangá num final alternativo independente da história de Negima! Magister Negi Magi, diferente da série de TV anterior.