O mago de dez anos Negi Springfield dá aula para as trinta e uma garotas da turma 3-A da Academia Mahora. Quando enviados da Academia de Magia chegam avisando que uma relíquia chamada Cristal Estelar desapareceu, os problemas mágicos cercam a turma, e Negi sela pactos conhecidos como Pactio com suas alunas para enfrentá-los. Esta releitura alternativa do Negima original traz novos designs e uma nova trama.