El mago de diez años Negi Springfield da clases a las treinta y una chicas de la clase 3-A de la Academia Mahora. Cuando llegan emisarios de la Academia de Magia con la noticia de que ha desaparecido una reliquia llamada Cristal Estelar, los problemas mágicos rodean al grupo, y Negi sella pactos conocidos como Pactio con sus alumnas para hacerles frente. Este relato alternativo del Negima original llega con nuevos diseños y una nueva trama.