En la Academia Mahora, el joven maestro mago Negi Springfield debe elegir a una sola alumna de su clase para convertirla en su compañera mágica permanente antes de la graduación, una decisión que hará que el resto de sus alumnas pierda todos los recuerdos de la magia. Evangeline A.K. McDowell, Asuna Kagurazaka, Setsuna Sakurazaki y el resto de sus estudiantes tienen mucho en juego mientras se acerca el plazo. Esta película condensa cerca de dos docenas de capítulos del manga en un final alternativo independiente de la historia de Negima! Magister Negi Magi, distinto de la serie de televisión anterior.