Três anos depois de Susumu Kodai e o Yamato retornarem de Iscandar, a Terra se reconstruiu em torno da proibida tecnologia Wave Motion e de uma paz frágil com os Garmillas. A deusa Teresa contata Kodai com um apelo psíquico para navegar até o planeta Tereza, justo quando o império alienígena Gatlantis começa a avançar sobre a Terra sob o disfarce dessa mesma paz. A tripulação do Yamato se reúne novamente ao redor dele, incluindo a navegadora Yuki Mori, para uma jornada que vai decidir se a reconstrução da humanidade sobrevive ao contato com Gatlantis. Este OVA dá continuidade à história deixada por Yamato 2199.