Um ano depois de o Yamato salvar a Terra, um cometa branco enorme avança pelo espaço profundo e destrói tudo o que encontra pelo caminho. Susumu Kodai reembarca com a tripulação para descobrir o que viaja dentro daquela nuvem, e o Império do Cometa escondido ali se mostra bem mais estranho do que a Terra esperava. Estes 26 episódios reaproveitam o filme Arrivederci Yamato e o expandem em uma temporada inteira.