Un cometa blanco lo bastante grande como para tragarse planetas enteros avanza desde el espacio profundo un año después de que el Yamato salvara a la Tierra. Susumu Kodai vuelve a embarcar con la tripulación para averiguar qué viaja dentro de esa nube, y el Imperio del Cometa que la habita resulta mucho más extraño de lo previsto. Esta temporada de 26 episodios reelabora la película Arrivederci Yamato y la extiende.