Tres años después de que Susumu Kodai y el Yamato regresaran de Iscandar, la Tierra se ha reconstruido en torno a la prohibida tecnología Wave Motion y a una paz frágil con los Garmillas. La diosa Teresa contacta a Kodai con un mensaje psíquico que lo llama hacia el planeta Tereza, justo cuando el imperio alienígena Gatlantis empieza a avanzar sobre la Tierra amparado en esa misma paz. La tripulación del Yamato vuelve a reunirse a su alrededor, incluida la navegante Yuki Mori, para un viaje que decidirá si la reconstrucción de la humanidad sobrevive al contacto con Gatlantis. Este OVA continúa la historia que dejó Yamato 2199.