Depois da morte do Pilar Emeraude, Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki e Fuu Hououji voltam a um Cephiro fragmentado, tomado por monstros e à beira do colapso. As nações vizinhas de Chizeta, Fahren e Autozam avançam para tomar o trono, enquanto as três Guerreiras Mágicas enfrentam uma nova rival, Lady Debonair, convencida de ser a única capaz de se tornar o próximo Pilar. Esta série é a segunda temporada e dá continuidade direta à história de Magic Knight Rayearth.