Cephiro yace fragmentado y sin rumbo tras la muerte del Pilar Emeraude, y Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki y Fuu Hououji regresan para encontrar monstruos sueltos y el país en franco declive. Mientras las naciones vecinas de Chizeta, Fahren y Autozam maniobran para apoderarse del trono, las tres Guerreras Mágicas enfrentan a una nueva rival, Lady Debonair, convencida de ser la única capaz de convertirse en el próximo Pilar. Esta serie es la segunda temporada y continúa directamente la historia de Magic Knight Rayearth.