Dois anos depois de o hacker Fujimaru Takagi, conhecido na rede como Falcon, impedir a primeira conspiração terrorista de Bloody Monday, uma nova ameaça mira o Japão enquanto o próprio Falcon sumiu de vista. Fujimaru, tentando levar uma vida normal se preparando para o vestibular, acaba puxado de volta ao descobrir um vírus letal e um dispositivo que os terroristas chamam de 'Caixa de Pandora': o gatilho nuclear do arsenal americano. Perseguir quem quer o dispositivo obriga Fujimaru a voltar para o mundo que achava ter deixado para trás.