O Mundo Digital para onde Taiki Kudou e Shoutmon voltam foi refeito: o Exército Bagra o dividiu em sete reinos, cada um entregue a um Death General sob o comando de Dark Knightmon, com a Fortaleza Sombria no meio. O Xros Heart avança território por território contando apenas com o Xros Loader de Taiki e as fusões DigiXros que ele permite. Esta segunda temporada, de vinte e quatro episódios, emenda direto na primeira.