El Mundo Digital al que vuelven Taiki Kudou y Shoutmon ya no es el mismo. El Ejército Bagra lo partió en siete reinos, cada uno en manos de un Death General a las órdenes de Dark Knightmon, con la Fortaleza Oscura en el centro. Xros Heart avanza territorio por territorio con lo único que tiene, el Xros Loader de Taiki y las fusiones DigiXros que permite. Esta segunda temporada, de veinticuatro episodios, enlaza directo con la primera.