Taiki Kudou ouve um Digimon moribundo chamado Shoutmon e resolve ajudá-lo; é assim que ele, Akari Hinomoto e Zenjiro Tsurugi param no Mundo Digital com um Xros Loader na mão. O aparelho libera o DigiXros, que funde Ballistamon, Starmon e os Pickmons em formas novas contra o Império Bagra, enquanto as equipes rivais Blue Flare e Twilight cobram o que consideram seu. Este mangá corre em paralelo à série de televisão e segue um caminho bem diferente.