Taiki Kudou escucha a un Digimon moribundo llamado Shoutmon y decide ayudarlo; así terminan él, Akari Hinomoto y Zenjiro Tsurugi en el Mundo Digital con un Xros Loader en la mano. El aparato habilita el DigiXros, que fusiona a Ballistamon, Starmon y los Pickmons en formas nuevas contra el Imperio Bagra, mientras los equipos rivales Blue Flare y Twilight reclaman lo suyo. Este manga corre en paralelo a la serie de televisión y toma un camino bastante distinto.