Jovem soldado da organização antiterrorista secreta Mithril, Sousuke Sagara recebe a missão de se infiltrar como estudante do ensino médio para proteger Kaname Chidori — uma garota que possui, sem saber, habilidades "Whispered", conhecimento sobre tecnologia militar avançada cobiçada por diversas facções. Criado em campos de batalha, Sousuke trata cada situação na escola como um cenário de combate em potencial, entrando em atrito constante com a determinada Kaname enquanto ameaças reais se aproximam.