O trabalho de investigadora da Federação e as aulas do ensino médio dividem o mesmo horário, porque Birdy Cephon Altera e Tsutomu Senkawa continuam presos em um único corpo. Quando um grupo criminoso ligado ao caso Ryunka foge da custódia e esconde as identidades alienígenas na Terra, os dois voltam ao serviço, e outras mãos se mexem na mesma cidade. Esta segunda temporada de TV cobra o que a primeira deixou em aberto sobre as pessoas que formaram Birdy.