Birdy Cephon Altera y Tsutomu Senkawa siguen compartiendo un solo cuerpo, así que el trabajo de la investigadora de la Federación y las clases del estudiante corren en el mismo horario. Un grupo criminal ligado al caso Ryunka se escapa de custodia y esconde sus identidades alienígenas en la Tierra: los dos vuelven al servicio, y hay otras manos moviéndose en la misma ciudad. Esta segunda temporada televisiva empuja a Birdy hacia lo que quedó abierto sobre las personas que la formaron.