Todos os integrantes da célula separatista qhardi que a equipe recém-formada de Motoko Kusanagi captura sob o comando de Daisuke Aramaki têm a mesma tatuagem de Scylla e um ghost adulterado por um programador conhecido apenas como Fire Starter. Togusa, em outra frente, apura a morte de um detetive de Niihama explodido numa represa com pernas protéticas da corporação Mermaid's Leg nas mãos. Fora do serviço, Motoko namora Akira Hose, especialista em próteses. Este terceiro filme de Arise segue o caminho até a Seção 9 de Segurança Pública.