Una célula separatista qhardi cae en manos del equipo que Motoko Kusanagi acaba de formar bajo Daisuke Aramaki, y todos sus miembros llevan el mismo tatuaje de Scylla y un ghost manipulado por un programador al que solo conocen como Fire Starter. En paralelo, Togusa investiga otra muerte: un detective de Niihama volado por los aires en una represa, con un par de piernas protésicas de la corporación Mermaid's Leg encima. Fuera del trabajo, Motoko sale con Akira Hose, especialista en prótesis. Esta tercera película de Arise sigue el camino hacia la Sección 9 de Seguridad Pública.