En una Newport City reconstruida tras la Cuarta Guerra Mundial, la ciborg de cuerpo completo Motoko Kusanagi aún responde a la Organización 501 del ejército. Su superior, el teniente coronel Mamuro, aparece muerto en un caso de atentado que arrastra acusaciones de tráfico de armas. Al rastrearlo se cruza con Daisuke Aramaki e investigadores como Batou y Togusa, mientras unos recuerdos falsificados por un hacker apodado Fire-Starter la dejan sin poder confiar en su propio pasado. Esta entrada de origen muestra cómo empiezan a formarse las alianzas que serán la Sección de Seguridad Pública 9.