Numa Newport City reconstruída após a Quarta Guerra Mundial, a ciborgue de corpo inteiro Motoko Kusanagi ainda responde à Organização 501 do exército. Seu superior, o tenente-coronel Mamuro, aparece morto em um caso de atentado cercado de acusações de tráfico de armas. Ao investigar, ela cruza com Daisuke Aramaki e agentes como Batou e Togusa, enquanto memórias falsificadas por um hacker apelidado de Fire-Starter a deixam sem confiar no próprio passado. Esta entrada de origem mostra as alianças que vão formar a Seção de Segurança Pública 9 começando a se desenhar.