O chefe Aramaki decide que a Seção 9 vai investigar sozinha dois casos que parecem ligados. Em pleno discurso, corpos protéticos controlados a distância tentam matar Shinra Mikomoto, política que defende a cibernetização, e Togusa consegue tirá-la dali com vida. Do outro lado do Japão, dezenas de corpos artificiais descartados ilegalmente surgem perto da sede da Aterui, uma seita contrária à cibernetização, e entre eles está o que um dia foi de Motoko Kusanagi, a Major que deixou a Seção 9 e sumiu. Batou vai infiltrado para as ilhas do sul, e Togusa segue para o norte com Tsunagi, novata vinda da Divisão Psíquica. A história se passa depois de Ghost in the Shell 1.5: Human-Error Processor.