Cibercérebros e corpos protéticos são rotina no Japão de 2029. Em Niihama, a major Motoko Kusanagi comanda a Seção 9 de Segurança Pública, unidade secreta encarregada do cibercrime. Sua equipe vai atrás do Titereiro, um hacker fantasma que toma mentes alheias e as faz cometer crimes por ele, sem deixar pista de quem age de fato. Kusanagi conduz o caso de dentro de um corpo quase todo artificial, e a caçada volta sempre à pergunta de que parte dela ainda é dela.