En Niihama, donde los cibercerebros y los cuerpos protésicos son cosa corriente, la mayor Motoko Kusanagi dirige en 2029 la Sección 9 de Seguridad Pública, unidad encubierta dedicada al cibercrimen. Su equipo persigue al Titiritero, un hacker fantasma que se apodera de mentes ajenas y las usa para cometer crímenes a través de otros, sin dejar rastro de quién actúa en realidad. Kusanagi lleva el caso desde un cuerpo casi por completo artificial, y la cacería no deja de rozar la pregunta de qué parte de ella sigue siendo suya.