Entre los cuerpos artificiales tirados ilegalmente cerca de la sede de Aterui, una secta contraria a la cibernetización, aparece el que alguna vez ocupó Motoko Kusanagi, la Mayor que dejó la Sección 9 y desapareció. Al mismo tiempo, cuerpos protésicos controlados a distancia intentan asesinar en pleno discurso a Shinra Mikomoto, política defensora de la cibernetización, y Togusa logra ponerla a salvo. El jefe Aramaki decide que la Sección 9 investigue por su cuenta: Batou se infiltra en las islas del sur y Togusa parte al norte con Tsunagi, una novata que viene de la División Psíquica. La historia transcurre después de Ghost in the Shell 1.5: Human-Error Processor.