A Major Motoko Kusanagi comanda a Seção 9 de Segurança Pública, uma unidade de elite contra o ciberterrorismo no Japão de 2030, onde corpos cibernéticos são coisa comum. Seu time junta o ex-ranger Batou, o detetive Togusa e o estrategista Aramaki para resolver cibercrimes isolados. Sob esses casos corre um fio mais longo: o Laughing Man, um hacker que seis anos antes sequestrou ao vivo na televisão o presidente de uma corporação de micromáquinas e depois sumiu. O logo que ele deixou reaparece com imitadores sem ligação entre si, padrão que a Seção 9 passa a chamar de Stand Alone Complex.