Diez años después de que terminara la guerra entre los clanes ninja Iga y Kouga, sus herederos buscan algo distinto a otra contienda: Hachirou, de los Kouga, e Hibiki, de los Iga, quieren la paz y una vida juntos, y continúan el linaje de Gennosuke y Oboro. La tregua de una década se rompe cuando un misterioso intrigante llamado Jojin pone a Tadanaga, hermano del shogun, en contra del shogunato y arrastra de nuevo a ambos clanes a la guerra ninja. Esta serie es una secuela directa del Basilisk original, ambientada una década después de su final.