Dez anos depois do fim da guerra entre os clãs ninja Iga e Kouga, os herdeiros dos dois lados querem outra coisa que não mais uma disputa: Hachirou, dos Kouga, e Hibiki, dos Iga, sonham com paz e uma vida juntos, dando continuidade à linhagem de Gennosuke e Oboro. A trégua de uma década se rompe quando um misterioso intrigante chamado Jojin coloca Tadanaga, irmão do xogum, contra o xogunato e arrasta os dois clãs de volta à guerra ninja. Esta série é uma sequência direta do Basilisk original, ambientada uma década depois do seu final.