Na loja de jogos do avô de Yugi Mutou dorme o Quebra-Cabeça do Milênio, uma relíquia do antigo Egito que ninguém tinha conseguido montar. Quando o tímido Yugi encaixa a última peça, desperta nele uma segunda personalidade, Dark Yugi, o espírito de um faraó sem nome que assume o controle para desafiar valentões e criminosos a Jogos das Sombras e impor cruéis Jogos de Punição. Ao lado dos amigos Anzu, Jonouchi e Honda, Yugi atrai a atenção de rivais que carregam os outros Itens do Milênio, como o colecionador Seto Kaiba.