Yugi Mutou, um estudante reservado, monta o antigo Quebra-Cabeça do Milênio e desperta um Faraó sem nome que passa a dividir seu corpo. Quando Maximillion Pegasus, criador de Monstros de Duelo, usa o Olho do Milênio para roubar a alma do avô de Yugi, ele e o Faraó entram no torneio do Reino dos Duelistas ao lado dos amigos Jounouchi, Anzu e Honda. A vitória leva ao torneio da Cidade das Batalhas, organizado pelo rival Seto Kaiba, onde três Cartas dos Deuses Egípcios guardam a chave do passado esquecido do Faraó.